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协和医学院坚持小规模招生、高层次培养、高质量输出的办学宗旨，在长期的办学实践中，凝练出“坚持医学精英教育、实行高进优教严出、注重能力素质培养、强调三高三基三严、开放办学博采众长、传扬优良文化传统”的办学特色。我校是首批具有博士学位和硕士学位授予权的单位，现有一级学科博士授权专业点8个、一级学科硕士授权专业点3个，是国务院学位委员会自行审核博士学位授权一级学科点和硕士学位授权一级学科点的委托学位授予单位。现有一级学科国家重点学科 2个，二级学科国家重点学科8个，三级学科国家重点学科2个，国家重点培育学科1个。

现有各类在校生4726人，其中研究生3862人占82%，普通本科生与成人本科生628人占13%，普通专科生236人占5%，呈典型的“倒金字塔”结构。多年来为国家培养了大批优秀的临床医学家、医学科学家、医学教育家、护理学家和医政管理学家，为我国医学教育、医学科学研究和医疗卫生事业的进步和发展做出了积极的贡献，在国内外享有很高的声誉。